Shopifyでブログをつける(お知らせとかニュースとかではなく)とするならば目的はSEO対策ということになるでしょう。であれば、目次はSEO的にはあった方がよいとされているのでJavaScriptで作ってみたいと思います。テーマはDawn(6.0.2)です。
Shopifyのテーマをカスタマイズする場合に商品詳細画面のテンプレート(main-product.liquid)をいちから作ることはほとんどないとは思うのですが、そうはいっても、どう処理しているのかわからないのも気持ちが悪いので試しに再現してみましたのでJavaScript、CSSを掲載します。テーマはDawnです。